preCICE软件在CentOS7超算集群上无root权限从源码编译安装记录贴

[Amadeus]

最近想学习一下用OpenFOAM做流固耦合，看了一圈对preCICE起了一点兴趣，于是在学校超算集群上安装了一下preCICE，想以后能把OpenFOAM和其他的软件结合起来算点东西.

看论坛里面似乎没有人说preCICE的安装，所以开一个贴记录一下从源码编译安装preCICE的痛苦经历，希望日后可以帮到需要帮助的同学哈哈哈.

首先介绍一下集群的配置: 浪潮的机架式服务器，操作系统CentOS Linux release 7.5.1804，内核3.10.0-862.el7.x86_64. 对就是这么老...更可喜的是我的账号没有root权限，所以无论是OpenFOAM的各项依赖还是preCICE，我都是从源码编译安装的. (spack不知道为什么也用不了，非常奇怪，暴风哭泣)

CPU是intel Platinum 8358 CPU @ 2.60GHz(双路CPU，单节点64核心，关闭超线程)，内存1TB，支持InfiniBand网络. 一共80个节点，有那么几十张sxm-80GB-A100.

学校集群上我能用上且现有的依赖只有gcc-9.2.0，m4，openMPI-4.0.3，Cmake. 其他的全都要从源码编译.

OpenFOAM的依赖主要有flex，bison，boost，zlib? 这些都比较好解决. OpenFOAM高版本的编译安装就很奇怪，2312版本的solvers编译我是改了源码才编译完成，不过src和utilities无报错.

下面开始preCICE的依赖安装.

[Amadeus]

首先从preCICE官网发现CentOS7最高只支持到preCICE v2.3.0，而依赖项中Eigen3非常好处理，难点在于libxml2...

对，集群上libxml2库我找不到，只能自己安装. 推荐安装libxml2-2.9.13，这个版本修复了一个关于Python的bug. 在configure时要编译有动态链接库的版本:

./configure --prefix=libxml2的/安装/路径 CPPFLAGS="-I集群中python3的位置(我是miniconda3)" LDFLAGS="-L$HOME/miniconda3/lib" --enable-shared=yes

然后PETSc库也得自己装，顺带把lapack和BLAS也让他一起装了

./configure  --with-precision=double --prefix=petsc/的/安装路径  --with-openmpi=1 --with-openmpi-dir=/openMPI/的路径 --download-f2cblaslapack --with-fc=0

make和make install步骤就省略了

[Amadeus]

preCICE的安装包解压至指定位置后，configure步骤也是有一些坑，在build文件夹内

cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/precice/的安装/路径 -DPYTHON_EXECUTABLE=miniconda3中的/python/路径 ..

没指定Python就会出现一些奇怪的问题，我也没搞明白为啥...

其后就正常make和make install即可，最后make test_install应该是OK的