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HPC上运行OF

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    cccrrryyy 超神
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #2

    @leilei 你应该问超算管理员,这不是OpenFOAM的问题,而且也不是每个超算都用module OF这类的命令来加载OpenFOAM的环境变量。

    I don't want to survive, I want to thrive.

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    leilei
    在 中回复了 cccrrryyy 最后由 编辑
    #3

    @cccrrryyy :
    谢谢老师
    我刚接触 hpc 的 rookie.。。。

    借此再向老师求教一问:
    如OF是HPC本来预装的,那有可能在预装的OF环境下编译安装其他库吗? 谢谢

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    cccrrryyy 超神
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #4

    @leilei 如果你想装到它原本的环境下,可能会因为账号权限问题导致写不进去东西,但这个其实没关系,你可以把其他库写到自己的账号下,OpenFOAM运行的时候会识别的。

    还有一种办法是你直接要求超算的管理员把预装的OpenFOAM在你的账号下装一遍,这样你用你的账号就相当于有全部权限了。这样其实是最好的。一般的HPC都支持的,毕竟开源软件,他也应该支持。

    I don't want to survive, I want to thrive.

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    leilei
    在 中回复了 cccrrryyy 最后由 编辑
    #5

    @cccrrryyy :
    谢谢老师指点。
    如没理解错:
    您方法1
    是我账户内先 "load OF" (尽管现我这还没成功),如 load 成了,就有 OF 环境,此环境下,就能编译安装其他库了
    您方法2
    是在我的账户下装OF。。。如能自己装,最好。。。权限不够,就请管理员装

    谢谢老师教导,我试下。。。也许还要麻烦老师

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    cccrrryyy 超神
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #6

    @leilei 不清楚你的超算是和外面签合同的那种,还是高校或研究机构内自己搭的那种。对于方法1,你现在load OF不成功,是超算的问题,他如果连这个都不能给你很快解决,那说明他们能力不行,我其实建议你换一家。。有了OF环境,你自然可以编译东西。对于方法2,不是你自己去装,是让超算的管理员帮你装,你自己装没那么好装。

    我觉得你需要首先在自己的电脑或机器上尝试安装OF并运行,以及二次编译。只有你自己能熟练操作这些,才能在超算上去实现,或者协助超算的管理员去排查安装或者编译过程中的问题。在超算上搞这些其实有点复杂的,你需要一些基础知识。

    I don't want to survive, I want to thrive.

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    leilei
    在 中回复了 cccrrryyy 最后由 leilei 编辑
    #7

    @cccrrryyy
    非常感谢老的师耐指点
    FYI:

    • 学校的hpc
    • 现能 load 和 用OF了。。。但还有2点不清楚.。。

    其中2/2要请教老师:

    • 1/2 很多基于OF开发的库,如是PC上的linux, 在OF目录下编译安装就行。。。 但不知 hpc 上,load OF 是否也把 OF的环境自动加上了?如行,就不用再装OF,直接编译库就行了。。。。 当然这我能自己试

    • 2/2 hpc上不能 sudo,如自己装OF,只能 load 把 “System Requirements” (e.g. gcc ) 一个个加上。。。 想请教老: hpc上 如何 load scotch? 我 hpc 上,能编译 OF, 没成功。。。。 这问题 PC 上也遇到过,后来把 scotch 装上,OF就编译成了 。。。。 但 hpc 上,我找不到 scotch 的 module,同时又不能 sudo 安装

    谢谢老师的多次回复

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    cccrrryyy 超神
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #8

    @leilei 为什么要纠结OF的环境变量有没有加上呢,你可以任意输一些命令确认这个事情。所谓的load OF只是一条命令,它的背后一定是类似于source的命令,如果想确认你输入了load OF之后到底有没有用,可以直接查看它对应的命令,这样就很明确了。

    scotch是一个库,如果没办法load,不一定非要su权限才可以安装的吧?hpc下每个用户的账号都相当于一个独立的环境,不可能不让装的。

    I don't want to survive, I want to thrive.

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    leilei
    在 中回复了 cccrrryyy 最后由 编辑
    #9

    @cccrrryyy
    谢谢老师的回复
    那我就应该不用再安装OF了。。。

    hpc上scotch 肯定装了,只是我不知道名字,没法load .... 以前 PC 上能用 sudo 直接在线装。。。 现hpc上搜不出它的名字。。。 但问题应该不大

    再次感谢老师多次耐心的指点

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    leilei
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #10

    还要请教各位老师一下:
    基于一个计算任务,如何分配 node 和 core 及 内存的资源?

    刚开始用,一点经验都没有。。。

    谢谢

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    gemini
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #11

    @leilei 在 HPC上运行OF 中说:

    还要请教各位老师一下:
    基于一个计算任务,如何分配 node 和 core 及 内存的资源?

    刚开始用,一点经验都没有。。。

    谢谢

    这个问题,超算管理员是咋说的? :chouchou:

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    leilei
    在 中回复了 gemini 最后由 编辑
    #12

    @gemini :
    谢谢回复
    他们主要提供“平台”和处理故障

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    gemini
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #13

    @leilei 那就跟你怎么并行跑OpenFOAM有关了,我以前用的mpirun命令,但没有自己指定过节点,刚看了一下文档(bash下输man mpirun),似乎可以通过-hostfile或者其它选项做资源管理。

    (你问的不属于OpenFOAM的范畴,纯粹是平台/操作系统的问题,Debian系的Linux系统一般可以用taskset将进程绑定到特定CPU。):134:

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    leilei
    在 中回复了 gemini 最后由 编辑
    #14

    @gemini
    谢谢回复
    对,哈哈,“航母群”里问“飞机”问题。。。但如是F18,可能“航母群”更有针对性。。。麻烦问下,你看的是什么手册?谢谢

    这OF群人才众多,哪位高人能指点下,我刚接触,经验是0

    谢谢大家

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  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    写于 最后由 编辑
    #15

    @leilei openfoam这个并行效率跟调试的关系非常大。openfoam这个效率跟商软不太一样。还取决于你的网格大小。

    基于一个计算任务,如何分配 node 和 core 及 内存的资源?

    针对你这个问题,如果小网格的话,跑一个node就行了。只有上大网格,几千万以上的时候,可以跑多节点。

    内存资源这个不是你控制的。如果交换机不是瓶颈。可以跑多个节点,每个节点跑一半的核心。

    总体来说,还是最好自己测试一下。openfoam跟商软不太一样。需要实测一下最优的性能。

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

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    leilei
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #16

    @李东岳 :
    太谢谢李老师了
    再追两问:

    1. 这方面有专门的书或资料可借鉴吗? 我 google 了 hpc node core allocation 但没找到有用的
    2. 看有的 sbatch 文件,与 node, core 有关的都在文件开头,但都被 # 给 comment 掉了。。。
      1/2 为什么?
      2/2 # 后,还会执行吗?

    如李老师有时间,你帮看看,问题很困惑我 。。。。。 再次感谢

    李东岳李 1 条回复 最后回复
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    G 离线
    gemini
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #17

    @leilei 在 HPC上运行OF 中说:

    麻烦问下,你看的是什么手册?

    没有什么手册,我都是baidu + 自带文档 :134:

    1 条回复 最后回复
  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    在 中回复了 leilei 最后由 李东岳 编辑
    #18

    没有书,我这也都是自己测试总结的。我总结的是我自己发现的规律。我觉得具有一定普适性。#SBATCH是一起的。所以这个不是注释掉了。

    If you are writing a jobscript for a SLURM batch system, the magic cookie is "#SBATCH". To use it, start a new line in your script with "#SBATCH". Following that, you can put one of the parameters shown below, where the word written in <...> should be replaced with a value.

    https://hpc-wiki.info/hpc/SLURM

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

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    leilei
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #19

    @李东岳 @gemini
    非常感谢回复
    真好像:
    乡下穷小子进城遇好心人帮助,其中还有大城市美女

    谢谢大家

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  • L 离线
    L 离线
    leilei
    在 中回复了 leilei 最后由 编辑
    #20

    各位老师:
    网上有的说: HPC上指定了compute资源后,并行要用 srun 。。。
    具体到OF,还需要要 decomposePar 和 mpirun 吗?

    这问题,本人无经验,很做出难判断,只能请有经验的老师帮澄清下

    谢谢老师

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  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    写于 最后由 编辑
    #21

    srun是集群管理软件的使用
    decomposePar是openfoam的使用

    两个是两个东西。openfoam使用,是肯定要decomposePar的,不管你是提交作业还是直接mpirun

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

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