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rhel怎么安装OF

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    S 离线
    shrine
    写于 最后由 编辑
    #1

    网上搜了下,第一步源就搞不定,有没有现成的,抄个作业

    S 1 条回复 最后回复
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    shrine
    在 中回复了 shrine 最后由 编辑
    #2

    @shrine 先下载了mpich,安装了一两个小时才好,到了./Allwmake 时出现致命错误,缺少scotch.h

    李东岳李 1 条回复 最后回复
  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    在 中回复了 shrine 最后由 编辑
    #3

    @shrine rhel有没有openmpi?

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

    S 1 条回复 最后回复
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    shrine
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #4

    @李东岳 应该是没有,设置环境变量时

    
    gcc: error: unrecognized command line option ‘--showme:link’
    
    

    系统自带的gcc版本不够?

     gcc -v
    Using built-in specs.
    COLLECT_GCC=gcc
    COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/lto-wrapper
    Target: x86_64-redhat-linux
    Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-linker-hash-style=gnu --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada,go,lto --enable-plugin --enable-initfini-array --disable-libgcj --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-4.8.5-20150702/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --with-cloog=/builddir/build/BUILD/gcc-4.8.5-20150702/obj-x86_64-redhat-linux/cloog-install --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux
    Thread model: posix
    gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28) (GCC) 
    
    
    李东岳李 1 条回复 最后回复
  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    在 中回复了 shrine 最后由 编辑
    #5

    嗯 要装一下高版本的 应该就没问题了

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

    S 1 条回复 最后回复
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    shrine
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #6

    @李东岳 我想放弃了,要装的东西太多了,关键一个个手动编译还有版本依赖。可不可以直接放到docker里运行

    李东岳李 1 条回复 最后回复
  • bestucanB 在线
    bestucanB 在线
    bestucan 版主 大神
    写于 最后由 编辑
    #7

    可以搜搜 devtoolset。 红帽系的低版本系统使用高版本开发工具的包

    滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

    异步沟通方式(《posting style》from wiki)(下载后打开):
    https://www.jianguoyun.com/p/Dc52X2sQsLv2BRiqnKYD
    提问的智慧(github在gitee的镜像):
    https://gitee.com/bestucan/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way

    S 1 条回复 最后回复
  • 李东岳李 在线
    李东岳李 在线
    李东岳 管理员
    在 中回复了 shrine 最后由 编辑
    #8

    @shrine 不清楚,我这面用ubuntu就没换过,我学生用centOS问题也不大,其他的暂时没玩过

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

    1 条回复 最后回复
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    S 离线
    shrine
    在 中回复了 bestucan 最后由 编辑
    #9

    @bestucan 原本想用docker,也是不熟悉,没弄起来

    现在原生环境下thirdparty和of都./Allwmake成功了,但是blockmesh显示GLIBC_2.23' not found,不知道是不是哪里没装好

    网上说升级这个GLIBC库挺危险的,我configure就没成功,
    configure:5337: result: python3
    configure:5352: checking version of python3
    configure:5362: result: 3.7.11, ok
    configure:5372: error:
    *** These critical programs are missing or too old: make
    *** Check the INSTALL file for required versions.

    X 1 条回复 最后回复
  • X 在线
    X 在线
    xpqiu 超神
    在 中回复了 shrine 最后由 编辑
    #10

    @shrine

    看上面的帖子,你的 RHEL 系统自带gcc 是 4.8.5,所以肯定是 RHEL 7 。RHEL 7的 glibc 最高支持应该是到 GLIBC_2.17。所以你运行 blockMesh 提示 GLIBC_2.23 not found,我大胆猜测应该是你从网上下载了某个别的软件(二进制的),这个软件是在一个比 RHEL 新的电脑上编译的,然后你可能设置了 LD_LIBRARY_PATH,把这个软件的 lib 目录添加了进去,然后这个软件的 lib 里面有个.so库,跟 blockMesh 需要的某个 .so 同名。于是 blockMesh 运行的时候,就去链接那个软件里面的库了(而不是你编译 blockMesh 的时候链接的那个),同时那个软件的库最低要求 GLIBC_2.23,这个是你当前系统无法满足的,所以就有了这个报错。

    排查方法:
    运行如下命令

    ldd  $(which blockMesh)
    

    看 blockMesh 实际链接的是那些库,然后看看有没有异常。

    S 2 条回复 最后回复
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    shrine
    在 中回复了 xpqiu 最后由 编辑
    #11

    @xpqiu 运行结果是

    /home/xry/OpenFOAM-8/platforms/linux64GccDPInt32Opt/bin/blockMesh: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.29' not found (required by /home/xry/OpenFOAM-8/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libOpenFOAM.so)
    /home/xry/OpenFOAM-8/platforms/linux64GccDPInt32Opt/bin/blockMesh: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.23' not found (required by /home/xry/OpenFOAM-8/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libOpenFOAM.so)
    

    我安装完GCC11已经软链了
    ln -sf /usr/local/gcc/lib64/libstdc++.so.6.0.22 /usr/lib64/libstdc++.so.6(6.0.22已经改成了29)

    1 条回复 最后回复
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    shrine
    在 中回复了 xpqiu 最后由 编辑
    #12

    @xpqiu 不知道是不是安装gcc11惹的祸

    我开始直接安装mpich,source的时候会出现三楼的错误,所以我怀疑时gcc版本不够,升级到11,其实source还是出现同样的错误,但我没管,仍然./Allwmake
    居然成功了,后来再source就没再出现同样的错误,真tm神奇

    X 1 条回复 最后回复
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    xpqiu 超神
    在 中回复了 shrine 最后由 xpqiu 编辑
    #13

    @shrine
    你的 gcc11 是如何安装的呢,我估计不是自己下载源码编译出来的吧?应该是下载的某个 rpm 包之类的来安装的吧?如果是的话,那么你系统里面凡是依赖 libstdc++.so.6 这个库的程序,应该都不能正常运行了,因为你这个 ln -sf 操作,把系统默认的 libstdc++.so.6 给改了。

    三楼那个错误,不是 gcc 版本的问题,是mpi 没配置好的问题。你可以把 rhel 7 的源换成 centos 7 的,这样就可以直接rpm 安装openmpi。

    S 1 条回复 最后回复
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    S 离线
    shrine
    在 中回复了 xpqiu 最后由 编辑
    #14

    @xpqiu 不是rpm包,是自己编译。

    现在不管了,交给运维了,1000块,自己瞎搞,把同事的监测搞没了,被骂了一顿...

    1 条回复 最后回复
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