集群上并行测试OpenFOAM,并行效率并没有比单节点提升
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请教大家,我在课题组刚配置的集群上测试OpenFOAM并行效率,一共有320核心,单节点64核心。
我测试1500万网格的算例,单节点运行单步大约19秒,当采用两个节点时,单步11.5秒,并未提升明显。进一步增至3个节点时,计算反而减慢。
第二个LES算例,2000万左右网格,在其他超算平台上测试过采用336核心大约只需要5-6秒,但是在我们自己的集群上我采用4-5个节点,最快都得20秒,明显跨节点通讯有问题。
我采用的编译器是Intel-2018和IntelMPI。因为我们还测试过FLUENT的并行效率,没有出现问题,所以猜测不是硬件的问题,请问有可能是openfoam哪里配置出现问题?
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@bestucan 在 集群上并行测试OpenFOAM,并行效率并没有比单节点提升 中说:
比表现性能也没有比只核数的呀
比核数,安桌手机超过苹果。
要看处理器型号、主频,硬盘读写速度,有木有阵列,还有BIOS设置什么的。
测算力用 linkpack benckmark 什么的。自己搞得,简单的测不出来,复杂的容易设置错。
感谢您的回复,我们具体的配置是:
infiniband交换机带宽:56Gbps
CPU型号:英特尔至强铂金8375C (每节点双路共64核)主频3.5GHz
硬盘:东芝企业级14T*6,组raid6阵列,系统安装在固态硬盘内
BIOS设置过,但是跑FLUENT速度正常,所以猜测BIOS应该没有大问题有关于测试算例,我采用的1500万网格就是最简单的空腔算例,因为之前我们用过国内的超算平台,我也测试过这个算例。请问,你说的benchmark应该是哪些?是李老师在网站上提到的qDNS吗?还是别的什么?我不是很清楚,请教您一下。
谢谢!
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单节点运行单步大约19秒,当采用两个节点时,单步11.5秒,并未提升明显。进一步增至3个节点时,计算反而减慢。
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出一下具体的数据。单节点跑64核么,双节点128?3节点192?
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每个算例要跑1000s左右,不能跑第一步看结果。
第二个LES算例,2000万左右网格,在其他超算平台上测试过采用336核心大约只需要5-6秒,但是在我们自己的集群上我采用4-5个节点,最快都得20秒,明显跨节点通讯有问题。
这个没法横向对比。可能别的集群本身就快。你只能自己测试自己集群的scale性能,类似这个:http://dyfluid.com/html/DMCmodel.html 目前你的scale确实不达标
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@李东岳
李老师,我是按照单节点64核,双节点128核,以此类推来测试的。目前主要测试的是空腔算例和我自己的LES算例。- 空腔算例:1500万,icoFoam,我是一共运行了100步,平均计算每步运行时间。
一个节点64核心:平均单步19.18s
五个节点320核心:平均单步7.1s
可以看到并行加速比明显未达到预期。我在超算平台上测试过128核心,采用完全相同的计算设置,平均单步6.65s - LES算例,2000万,pisoFoam,同样运行了100个时间步。
这个算例我仅仅测试了256核心和320核心,因为我之前计算的时候采用的就是300核心左右。
我同时测试了每步跑满1000迭代步和最大迭代步设置为100迭代步的情况,以下是具体的数据:
五个节点320核心,最慢平均每步26s,最快平均每步9.2s
四个节点256核心,最慢平均每步29s,最快平均10.5s
作为参考,在超算平台上,同样的算例,336核心,平均每步5s左右。
所以很明显并行测试不达标,主要是因为我们在fluent里测试没有问题,主要问题就在于openFoam,所以目前不知道该怎么解决这个问题。
- 空腔算例:1500万,icoFoam,我是一共运行了100步,平均计算每步运行时间。
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一个节点64核心:平均单步19.18s
五个节点320核心:平均单步7.1s
所以你期望的是有5倍的scale吧?5节点达到4s左右。
我在超算平台上测试过128核心,采用完全相同的计算设置,平均单步6.65s
这个比不了。硬件不一样。我们这样同样64核的计算速度都不一样。可能他们的CPU更暴力。不能这么比。你只能看你们自己这个机架式,能否达到你的scale预期。
我建议你这么跑,对比总时间,而不是平均每步的时间,比如你把这个表格填一下:
1500万,icoFoam 1节点64核100步,总共 ___ 秒 2节点128核100步,总共 ___ 秒 3节点192核100步,总共 ___ 秒 4节点256核100步,总共 ___ 秒 5节点320核100步,总共 ___ 秒
然后你看一下能否做到scale的线性。同样你还可以测试下:
1500万,icoFoam 1节点32核100步,总共 ___ 秒 2节点64核100步,总共 ___ 秒 3节点96核100步,总共 ___ 秒 4节点128核100步,总共 ___ 秒 5节点160核100步,总共 ___ 秒
看一下能否做到scale的线性。
另外你说的Fluent没问题。是什么没问题,能达到线性的scale,还事什么
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-genv FI_PROVIDER tcp
这一条表示你指定使用 tcp 网络通信,所以很可能你的节点间通信就没用到 infiniband。
建议先去掉 -genv FI_PROVIDER tcp ,这样mpi应该会默认选择一个可用且最快的选项。如果不行,那么参考
https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/mpi-developer-guide-linux/top/running-applications/fabrics-control/ofi-providers-support.html
这里的说明选择一个跟你硬件匹配的 FI_PROVIDER。