再请教2个集群问题

[leilei]

没试过，所以先请教有经验的前辈：

• “com” 或 “org” 发行的Docker版OF上，能再编译第三方应用吗？
• 理论上，自己也能在 Docker 上（先）装 linux, 再编译OF，和第三方应用吧？

Docker 是轻量的，所以想请教是否可行。。。不然集群上装OF后，再在OF基础上编译第三方应用很麻烦。。。（特别有故障时，数据丢了就要重装）

谢谢

[李东岳]

虚拟机这面的openfoam，可以挂第三方应用。

你得集群不是linux系统？？

[leilei]

@李东岳
谢谢李老师回复
集群上是linux。。。
我想问 Docker版 OF能不能编译第三方应用（这里分官方发行的Docker-OF，和自己装的Docker-OF），而不是虚拟机上

[leilei]

@李东岳
补充：
集群通过ssh用，都是cmd lines。。。没法用虚拟机。。。所以才请教 Docker 的可行性

[bestucan]

如果怕丢失远程数据，最好的方法就是：

给自己的本地 linux 搞个公网IP。这样你用的集群就可以通过这个IP找到你的机器。

然后可以把自己本地的 linux 某分区挂载到集群上的一个位置（比如家目录）

这样相当于数据一直在本地，只是用集群的算力。读写都是自动走网络，在网络硬盘里。

只是公网IP比较难搞。如果自己的机器和集群在同一个校园网下也好搞。

docker 用来快速布置环境并跑起来挺好的。能快速复现别人的镜像。用来开发，应该麻烦的细节挺多的。权限、环境什么的

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ssh -X username@IP
也可以开图形界面，就是断了就没了。也可以考虑用 vnc。vnc用起来怎么也就麻烦一下子，docker估计麻烦的更多一些。

[leilei]

@bestucan
谢谢老师详细和耐心的解释

“丢失”原因：
集群”工作区“有时限，当然可延。。。但我想有重要数据再延。。。所以目前，到时限，就删“工作区”，再重建

这就要删去编译好的OF和第三方应用后，再重来。。。

因 Docker ”轻量“，所以才想问这两问题：

1. • “com” 或 “org” 发行的Docker版OF上，能再编译第三方应用吗？
2. • 理论上，自己也能在 Docker 上（先）装 linux, 再编译OF，和第三方应用吧？

还有， ssh X 用过，有点慢。。。其实 GUI 也意义不大了

再次感谢老师

[cccrrryyy]

@leilei 集群上安装OF还可以吧，不影响其他东西。集群肯定是给你一个最基础版本的OF，你只管调用它的库或者求解器，任何自己编译的东西，不管和OF有没有关系都和基础的这个OF不相关。

这样就不用docker了，总感觉搞了docker会有点麻烦。

[leilei]

@cccrrryyy
谢谢老师的回复。

当然，自己编译OF或用集群上的OF，都行。。。

是嫌麻烦（换”工作区“时重装）。。。想存个 Docker-img 省事。。。

谢谢老师

[bestucan]

@leilei

docker可以理解为一个“沙盒”，是运行在操作系统上的，所以里面不能再放一个操作系统，但是你想要在docker开发OF应该是可以实现的。我没怎么用过docker，

https://www.cfdengine.com/blog/how-to-install-openfoam-anywhere-with-docker/

https://github.com/jakobhaervig/openfoam-dockerfiles

如果翻墙用google，如果没翻墙用bing国际版，应该有不少经验贴

集群通过ssh用，都是cmd lines。。。没法用虚拟机。。。所以才请教 Docker 的可行性

还有， ssh X 用过，有点慢。。。其实 GUI 也意义不大了

我提 ssh X 和 vnc是因为我以为你考虑虚拟机。不过虚拟机吃性能，docker本来就是用来补虚拟机的短板的

[leilei]

@bestucan
谢谢老师的耐心和指点
还有个不是办法的办法： zip 集群上OF和三方，存起来，就用不再重装了。

Docker 是纯探讨， PC(win) 上简单用过，及阅读过手册。。。
好像手册说，Docker 能装 linux， Docker 版 linux 才十几或几十M，很诱人，所以来咨询。。。也可能记错，但绝无冒犯老师之意。。。

如可以，理论上，装完 linux 就能再装OF。。。。当然，也可能很麻烦
还有，Docker Hub 上现成的 OF，不知能不能再装“三方”

再次真诚感谢老师的耐心和指点，谢谢老师

[cccrrryyy]

@leilei 这个“工作区”怎么理解，是给你分配的存储么？

[leilei]

@cccrrryyy
是”模拟区“，也存OF结果。。。到期可“删”或“延”。。。重装一次 OF+“三方” 挺麻烦。。。

在此再次感谢：
“@李东岳@bestucan@cccrrryyy” 三位老师

谢谢

[bestucan]

@leilei

mingw ，在win下面用 linux 工具链的一个软件，类似于特制版docker。

blueCFD，让 openfoam 直接跑在 win 上。有点像把mingw和OF捆绑包装的解决方案。

这俩都是通过在 win 上实现 linux 的 api 来跑 linux 的程序。和 linux 上的 wine 一样（通过实现 win 上的 api ，跑 win 的程序）。

但是这种解决方案都有不完整的地方，因为他们不是系统，而是模拟其他系统对“系统调用”的“应答”

好像手册说，Docker 能装 linux， Docker 版 linux 才十几或几十M，很诱人，所以来咨询。。。也可能记错，但绝无冒犯老师之意。。。

没什么冒犯的，我也不熟悉，你要是找到我不知道的，还能开阔我的眼界

如可以，理论上，装完 linux 就能再装OF。。。。当然，也可能很麻烦

和 mingw 、blueCFD 的解决方案应该差不多，只是这两个用起来问题多还麻烦。尤其mingw，特别古老的软件，一直没有替代品，直到 win 10 商店的 Windows Subsystem for Linux 出现。这个东西还分两代，第二代才是系统，第一代也是个用 win 实现 linux 的 api 调用，和mingw差不多。docker 能做的话，当然会更方便。

docker 里装 linux 这个。你可以试试一个安卓应用 termux，不用root，就可以在安卓开终端，github上还有基于 termux 的 debian 系统。其实，基系统还是 termux 里的 BSD，实际上和 docker 差不多。

所以，这些算不算安个系统，看怎么定义“系统”了

[cccrrryyy]

@leilei 我大概理解了。我们有个搞法是用的Singularity，打包了一些OF+python库，搞成一个镜像文件（.sif）。

后面移植的时候，只要有对应版本的Singularity，只需要把镜像文件拷过去就可以调用，在不同的集群上都试过。

[heike256]

@cccrrryyy 容器是个好东西，不过从实务角度讲，排队机制比竞价机制更适合hpc应用，这样，容器似乎仅剩部署方便这个优势了，无法发挥硬件池化和弹性计算的优势

[leilei]

@bestucan @cccrrryyy :
感谢两位老师，纯干货，够我这“水货”消化一年的

确实懒了，没先试下。。。我是集群初级用户，比方说，高级用户一秒出结果，初级要一天。。。。因此初级”工作区“时限更长。。。 所以没试 Docker 这个 "Plan B"

@heike256
老师说的太高深了

再次感谢各位老师

[cccrrryyy]

@heike256 主要看使用场景。我们是一个系统后台接了好几个集群，部署甚至说运维方便这个优势就被无限放大。

歪个楼。想做真正的弹性计算，但云厂商的价格又很高，尤其数据上传下载也收费。如果纯用各家HPC，想实现弹性计算，有没有好的解决方案？

[leilei]

@cccrrryyy
正好顺便再请教老师一小问题：

Singularity 装 linux 后， 应也能进入 Singularity 内的 linux terminal， 如您 "ls" 会出现什么？
我就是想知道 Singularity 内部的文件路径是什么样？

在此，也顺便在对 @bestucan 老师说声谢谢

[cccrrryyy]

@leilei ls试了下和在外面是一样的，pwd看了下是我进singularity之前的路径。不方便贴图上来，还请见谅哈。