HPC上运行OF
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@leilei 不清楚你的超算是和外面签合同的那种,还是高校或研究机构内自己搭的那种。对于方法1,你现在load OF不成功,是超算的问题,他如果连这个都不能给你很快解决,那说明他们能力不行,我其实建议你换一家。。有了OF环境,你自然可以编译东西。对于方法2,不是你自己去装,是让超算的管理员帮你装,你自己装没那么好装。
我觉得你需要首先在自己的电脑或机器上尝试安装OF并运行,以及二次编译。只有你自己能熟练操作这些,才能在超算上去实现,或者协助超算的管理员去排查安装或者编译过程中的问题。在超算上搞这些其实有点复杂的,你需要一些基础知识。
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@cccrrryyy
非常感谢老的师耐指点
FYI:- 学校的hpc
- 现能 load 和 用OF了。。。但还有2点不清楚.。。
其中2/2要请教老师:
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1/2 很多基于OF开发的库,如是PC上的linux, 在OF目录下编译安装就行。。。 但不知 hpc 上,load OF 是否也把 OF的环境自动加上了?如行,就不用再装OF,直接编译库就行了。。。。 当然这我能自己试
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2/2 hpc上不能 sudo,如自己装OF,只能 load 把 “System Requirements” (e.g. gcc ) 一个个加上。。。 想请教老: hpc上 如何 load scotch? 我 hpc 上,能编译 OF, 没成功。。。。 这问题 PC 上也遇到过,后来把 scotch 装上,OF就编译成了 。。。。 但 hpc 上,我找不到 scotch 的 module,同时又不能 sudo 安装
谢谢老师的多次回复
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没有书,我这也都是自己测试总结的。我总结的是我自己发现的规律。我觉得具有一定普适性。
#SBATCH
是一起的。所以这个不是注释掉了。If you are writing a jobscript for a SLURM batch system, the magic cookie is "#SBATCH". To use it, start a new line in your script with "#SBATCH". Following that, you can put one of the parameters shown below, where the word written in <...> should be replaced with a value.